BMS có 3 hệ đào tạo: Hệ Chuẩn (Hệ A), Hệ Tài năng (Hệ T) và Hệ Quốc tế (Hệ i). Mỗi hệ đào tạo có những mục tiêu và nội dung học tập đặc trưng riêng, phù hợp với năng lực và hướng phát triển của từng học sinh.
Hàng năm BMS có nhiều học sinh được nhận vào các trường Đại học top đầu Việt Nam, một số học sinh đạt học bổng cao ở những trường Đại học quốc tế tại Anh, Mỹ, Canada, New Zealand